Ужанський національний природний парк є науково-дослідною установою загальнодержавного значення. Науково-дослідні роботи проводяться згідно робочих планів наукового відділу, які погоджені з науковими кураторами парку – Інститутом екології Карпат НАНУ України та біологічним факультетом Ужгородського національного університету.

Робота направлена на інвентаризацію видового складу флори і фауни, виявлення і картування цінних червонокнижних і рідкісних видів, ботанічні дослідження на популяційному рівні – вивчення вікової структури популяцій рідкісних видів, опис біоморфи, фітоценотичний опис фітоценозів з участю рідкісних видів. Проводиться дослідження рослинності, визначення формацій та асоціацій, в тому числі рідкісних, що занесені до Зеленої книги України. Проводиться картування рідкісних видів рослин та рідкісних рослинних угруповань. Проведено дослідження антропогенної трансформації флори парку. З метою дослідження сукцесійних змін рослинності на приполонинних луках, у зв’язку з припиненням сінокосіння та випасання худоби, закладено чотири постійні пробні площі.

В результаті проведених ботанічних досліджень загальний список флори поповнився 380 видами рослин і зараз складає 929 видів. Виявлено 5 червонокнижних і рідкісних видів, які раніше не були відомі на території парку, виявлено новий для Українських Карпат вид – скрученик спіральний. При картуванні рідкісних видів рослин Ужанського парку виявлено 96 нових локалітетів 29 видів рослин.

Розроблено і представлено на розгляд науково-технічної ради наступні природоохоронні рекомендації:

1. Екологічні засади охорони популяції бурого ведмедя;
2. Наукові рекомендації по охороні лучних угруповань на території Ужанського природного парку;
3. По будівництву інкубатора для вирощування струмкової форелі з метою зариблення гірських потоків;
4. Рекомендації по охороні популяції пізньоцвіту осіннього на території ботанічного резервату „Ірташі”;
5. Орієнтовна структура плану дій щодо поліпшення збереження бузку угорського;
6. Доцільність досліджень дуба скельного з метою введення його в лісові насадження. 

Проводиться моніторинг фауністичних комплексів та ареалу поширення великих хижаків на території парку. Зокрема, ведуться спостереження за станом популяції оленя карпатського, козулі європейської. Спільно з Інститутом зоології ім. І.І.Шмальгаузена проводяться дослідження за екологічними особливостями ведмедя бурого. Великий інтерес для наукових досліджень представляє вивчення поширення рисі та кота лісового. Впродовж останніх років разом із Інститутом екології Карпат НАН України проводиться моніторинг якісного і кількісного складу рукокрилих у штольні „Загорб”. Виявлено основні місця знаходження тритонів – карпатського та альпійського, запропоновано заходи по їх охороні і збереженню. 

На десяти стаціонарних фенологічних пунктах працівниками державної лісової охорони ведуться регулярні спостереження за фазами розвитку окремих трав’янистих рослин, дерев та кущів.

В Ужанському національному природному парку працює науково-технічна рада, в склад якої входять провідні наукові спеціалісти Інституту екології Карпат НАН України, Ужгородського національного університету. На засіданнях Ради розглядаються актуальні питання діяльності парку: програми та тематика наукових досліджень, напрямки освітньої роботи, заходи розвитку рекреаційно-туристичної інфраструктури; розгляд та погодження проектів лімітів санітарно-оздоровчих заходів, використання природних ресурсів в межах природно-заповідного фонду; звіти про виконання планів роботи відділів та підрозділів парку; обговорювались та погоджувались матеріали „Проекту організації території парку” та інші.

Крім науково-дослідної роботи, проводиться значна еколого-освітня робота серед місцевого населення та школярів. Налагоджена співпраця з екогуртками в школах, з учнями проводяться різні природоохоронні акції, читаються лекції з метою підвищення екологічної культури школярів, учні виконують конкретні завдання по спостереженню за окремими видами рослин і тварин. Співробітники наукового відділу приймають участь у роботі конкурсних комісій щорічних оглядів учнівських екологічних гуртків. В районну пресу регулярно подаються матеріали про життя і діяльність парку та основні екологічні проблеми району.

Враховуючи, що Ужанський національний природній парк є складовою частиною Міжнародного біосферного резервату „Східні Карпати”, налагоджено міжнародне наукове співробітництво. Проводяться спільні експедиції, участь у конференціях, обмін науковим матеріалом. Розроблена програма наукових досліджень на транскордонних територіях Польщі, Словаччини та України.