Історія створення Ужанського НПП тривала, складна і повчальна. Вона свідчить про розуміння вже в 19 ст. далекоглядними натуралістами значення територіальної охорони природи не лише-для збереження зникаючих видів флори та фауни, але й для підтримання екологічного балансу при зростаючому впливі людини на природне середовище.
Розуміючи багатогранне науково-природниче та еталонне значення пралісових масивів у Східних Бескидах угорські лісівники взяли їх під охорону в 1911-13 pp.. У Бескидах на гребені „Ясен” в урочищі „ Стужиця” був виключений з господарського користування буковий праліс на площі 331,8 га й створено резерват.
Після Першої світової війни, коли Закарпаття входила до складу Чехословаччини, Міністерство землеробства та Міністерство шкіл і освіти (в рамках якого був відділ охорони природи) оголосило Стужицький праліс абсолютним лісовим резерватом і включило його у мережу заповідних об’єктів.
На лівобережній частині ріки угорські лісівники взяли під охорону ялицевий праліс в урочищі "Тиха" на площі 14,9 га. А.Златнік та А.Гілітцер вважали таку площу резервату недостатньою і запропонували її збільшити до 110,3 га. На жаль, у повоєнні роки ліси цього резервату були зрубані. На щастя, в згаданому урочищі ще збереглися корінні букові і ялицево-букові ліси, що дозволило створили новий резерват на площі 25 га.
У верхів'ї басейну Ужа цікавим для вивчення природних лісів є також розташований на лівобережжі річки Уж гірський масив „Явірник”(1021 м н.р.м.), на схилах якого зональне поширення мають моно- та полідомінантні бучини. А.Златнік запланував провести тут в рамках Науково-дослідного інституту лісової економіки довгострокові стаціонарні дослідження. З цією метою він запропонував створити на Явірнику пралісовий резерват на площі 130.2 га, для якого були підібрані дві ділянки– на гребені „Гола Обуч” (37,3 га) та у верхів'ї потоку Солянського (92,9 га). На них були виконані стаціонарні фітоценотичні, таксаційні та педологічні дослідження, результати яких опубліковано в І938 р. в монографії, присвяченій пралісам Закарпаття.
На жаль, після Другої світової війни управління лісового господарства Закарпатської області не мало відомостей про стужицький резерват і на початку 50-х років частина заповідних лісів була зрубана. Лише на початку 60-х років С.М.Стойко одержав від проф. А.Златніка інформацію про мережу лісових резерватів у басейні Ужа. У Державний комітет охорони природи України автором була подана доповідна записка про потребу відновлення пралісових резерватів в Закарпатті, на підставі якої вони були виключені з експлуатаційного фонду.
Враховуючи пропозиції українських та зарубіжних вчених та потребу збереження в Східних Бескидах унікальних природних ландшафтів, їх оригінальної флори й фауни Державний комітет охорони природи України створив у 1974 р. ландшафтний заказник республіканського значення "Стужиця" (2542 га), який включив і територію довоєнного природного резервату. Він безпосередньо межує із польським Бещадським парком народовим та Словацьким народним парком „Східні Карпати” і створює з ними єдиний природний територіальний комплекс. Таким чином створилась сприятлива ситуація для організації в пограниччі на значній площі спільного заповідного об’єкту. В 70-х роках минулого століття МАБ ЮНЕСКО була обгрунтована концепція якісно нової категорії охоронних територій – "біосферний резерват”, який включав би як природні, так і господарські екоситеми, щоби, таким чином, поєднати природоохороні завдання з економічними потребами суспільства. Завдяки такій новій парадигмі в галузі охрони природи, біосферні заповідники набули широкої популярності, їх мережа стала формуватися у багатьох країнах світу. За ініціативою секретаріату МАБ ЮНЕСКО у травні 1990 року в Києві було організовано спільне засідання національних комітетів МАБ ЮНЕСКО трьох країн. На ньому польська сторона виступила з пропозицією створити у транскордонній зоні Східних Бескид трьохсторонній біосферний резерват, з метою вирішення в регіоні як природоохоронних, так і соціально-економічних завдань, яка одержала загальне схвалення. Незабаром польська та словацька сторони подали в МАБ ЮНЕСКО проект створення транскордонного Польсько-Словацького біосферного резервату „Східні Карпати” на базі існуючих в пограниччі національних та ландшафтних парків, який був офіційно схвалений і включений в міжнародну мережу. Його створення було для української сторони прикладом для приєднання до згаданого резервату також прикордонного ландшафтного природного парку "Стужиця". Щоби реалізувати такий задум було потрібно розширити площу резервату та покращити його природоохоронний статус. З цією метою в 1995 р. С.М.Стойко обґрунтував проект створення на правобережжі басейну Ужанського ландшафтного природного парку на площі" 14665 га, який був офіційно затверджений Закарпатською обласною адміністрацією. Оскільки в таких межах ландшафтний парк не репрезентував все різноманіття природної спадщини басейну Ужа був обґрунтований проект створення Ужанського національного парку на площі 39159 га. В таких межах Ужанський НПП був створений Указом Президента України в 1999 р.
За пропозицією національних комітетів МАБ ЮНЕСКО трьох країн в 1999 р був офіційно затверджений Польсько-Словацько-Український біосферний резерват "Східні Кар¬пати" на площі 208089,75 га. Він включає: з польської сторони Бещадський парк народовий (27833,68 га) та два парки крайобразові –Ціснянсько-Ветлінський (46025 га) та Долина Сяну (34865,41 га); із словацької сторони – національний парк "Полонини"(29805,05га) та буферну зону парку (10973,29 га); з української сторони – Ужанський НПП (39159 га), та Надсянський РЛП (19428 га).
В 2019 році, указом Президента України, територія Ужанського національно природного парку була розширена на 6988 га і на теперішний час загальна площа парку становить - 46 147 га.
